Mientras Josep Piqué ejercía la presidencia de Air City Madrid Sur, la compañía que quiere construir y gestionar un aeropuerto privado y asesoraba sobre gestión aeroportuaria y transporte aéreo en la compañía Aviation Pasiphae (que aún preside en la actualidad), se sentaba en el Consejo de Administración de la empresa pública Aeropuertos Españoles y Navegación Aérea (AENA). Y no como un consejero del montón, si es que tal cosa se puede afirmar, sino en la Comisión Ejecutiva y en la Comisión de Nombramientos y Retribuciones. 

La Comisión Ejecutiva tiene delegadas todas las funciones del Consejo de Administración (su máximo órgano de decisión), excepto aquellas prohibidas por la ley. Así, desde esa comisión se maneja el día a día de la empresa pública, recibe informaciones clave y toma decisiones estratégicas. Esa tarea puede levantar cuestiones acerca de si es compatible con las labores de asesoramiento de Piqué en Aviation Pasiphae y de las decisiones empresariales que tuviera que tomar en cuanto a presidente de Air City Madrid Sur. 

La Comisión de Nombramientos y Retribuciones, además de determinar la idoneidad y los sueldos de los altos cargos de AENA, también se encarga -según sus propios estatutos- de "la evaluación y control del gobierno corporativo" de AENA. Y los Estatutos y reglamentos de AENA confieren expresamente a esta comisión "velar por que los eventuales conflictos de intereses no perjudiquen la independencia del asesoramiento externo prestado a la Comisión". Así que Piqué no sólo está en la cumbre de la cadena de mando de AENA, sino también en la Comisión encargada de vigilar su buen comportamiento. Al mismo tiempo que presidía los planes de la construcción de un aeropuerto privado, competencia de AENA y que preside otra empresa dedicada a asesorar sobre la gestión y construcción de aeropuertos y todo lo relativo al transporte aéreo.