En agosto de 2006, la mujer, identificada como M.I.M., que se había dado de baja en el Opus Dei, reclamó a la Prelatura que borrase sus datos de todos sus archivos en aplicación de la legislación de Protección de Datos. La organización respondió que los únicos datos que se referían a la demandante "son hechos históricos realizados voluntariamente, que no pueden anularse" y lo único que consiguió fue que le aseguraran que “en anotación marginal” se haría constar “su deseo de que no tengan trascendencia externa".

La Agencia Española de Protección de Datos falló a su favor
Ante la negativa del Opus Dei, la mujer acudió a la Agencia Española de Protección de Datos (AEPD) que, tras estudiar su caso, dictó una resolución por la que instaba a la organización a que, en el plazo de 10 días, le remitiera una certificación en la que quedase patente que se había "procedido a la cancelación de los datos".

El Opus se negó
Frente a la resolución de la AEPD, el Opus Dei esgrimió el Acuerdo de 1979 sobre Asuntos Jurídicos entre la Santa Sede y el Estado español que "protege la inviolabilidad de los archivos, registros y demás documentos de las instituciones y entidades eclesiásticas", según El País.

El Acuerdo entre España y el Vaticano "no es predicable" a los ciudadanos
El Supremo explica en su sentencia que el Acuerdo entre España y la Santa Sede protege los archivos y registros de cualquier intromisión procedente del Estado, por lo que "resultan inviolables frente al mismo", pero que "no es predicable frente al ciudadano cuando ejercita un derecho fundamental" sobre sus propios datos personales.