Nunca ha evitado posicionarse políticamente y lo ha vuelto a hacer. Juan Diego Botto ha dejado muy claro a través de su cuenta oficial de Twitter cuál es su opinión sobre el pacto del Partido Popular y Ciudadanos con Vox para hacerse con las riendas del Ayuntamiento de Madrid. El actor ha subrayado la hipocresía de José Luis Martínez Almeida y  Begoña Villacís a la hora de defender a las mujeres o a las personas homosexuales cuando pactan con quienes atentan contra sus derechos.  

Ya antes de que se hiciera efectivo el acuerdo y de que Martínez Almeida fuera investido alcalde de Madrid, Botto se hizo eco de otros mensajes en los que se subrayaba, en relación a Cs, que "si pactas con fascistas, eres fascista".