En Octubre de 2008, el Juez Garzón acuerda investigar penalmente los crímenes de la dictadura franquista y, en particular, las desapariciones forzadas de mas de cien mil personas. Lo resumía así: "Delitos contra Altos Organismos de la Nación y la forma de Gobierno, y detención ilegal con desaparición forzada de personas en un marco de crímenes contra la humanidad".

En Mayo de 2009, la organización ultraderechista Manos Limpias -ahora investigada penalmente- presentaba una querella contra el juez Garzón al que atribuía que había prescindido "total y absolutamente del procedimiento establecido, de la irretroactividad de la ley penal, de la ley de amnistía de 1977 y de sus propios actos y autos, en los que rechazó como genocidio los asesinatos de Paracuellos del Jarama".

La Sala 2ª del Tribunal Supremo, contra el criterio del fiscal, da la razón a Manos Limpias como una supuesta acusación popular y decide abrir el proceso contra el juez Garzón porque, inconcebible argumento, “no es absurdo ni irracional” que dicho juez haya cometido un delito de prevaricación. A partir de ahí la alianza entre el Tribunal Supremo y la extrema derecha es plena hasta el momento de dictar sentencia. Resolución que, según el Memorial Democratic de Catalunya expresaba que aún pervivían en el Tribunal Supremo “decisiones marcadas por un sesgo ideológico franquista” y “generaba una duda razonable sobre la imparcialidad del alto tribunal”.

Aún pervivían en el Tribunal Supremo “decisiones marcadas por un sesgo ideológico franquista”

La defensa del Juez Garzón planteó en un momento del proceso la recusación de los magistrados que habían de juzgarle porque carecían de imparcialidad para hacerlo, condición para un juicio justo. Uno de ellos la aceptó, pero no los cuatro restantes. Ante esta situación, una Sala especial del Tribunal Supremo resolvió que, en efecto, dichos jueces debían calificarse de parciales y fueron sustituidos por otros magistrados. Fue, sin duda, una resolución sin precedentes que descalificaba al Tribunal destituido. En efecto, el entonces magistrado Adolfo Prego, ponente durante todo el proceso contra el juez Garzón, era un conocido ultraconservador, patrono de honor de la Fundación para la Defensa de la Nación Española (Denaes), lo que era sabido desde el inicio de la causa.

Resulta inexplicable que no se hubiera abstenido inmediatamente y, sobre todo, como ponente de dicho procedimiento, puesto que además siempre se había caracterizado por su defensa de posiciones ultraderechistas.

El 14 de mayo, el Consejo del Poder Judicial, bajo la presidencia del sospechoso juez Carlos Dívar, apoyó igualmente las arbitrarias alegaciones de Manos Limpias y acordó la expulsión provisional de la función judicial del juez Garzón.

Las víctimas, los familiares que denunciaron los hechos, quedaron decepcionados y abandonados, y continúan estándolo ante la ausencia de tutela judicial. Parece que el objetivo político y judicial de la derecha española y de una parte de la izquierda se había alcanzado.

Posteriormente, el Tribunal Supremo decidió continuar definitivamente el proceso contra el juez Garzón pese a la evidente ausencia de toda responsabilidad penal. Sobre todo, a causa de las maniobras procesales irregulares del juez Luciano Varela con Manos Limpias para hacer viable un escrito de acusación que nunca debió ser aceptado. Maniobras que perjudicaban directamente el derecho a la presunción de inocencia del juez Garzón, además de vulnerar las garantías básicas de un ciudadano y el derecho a un proceso justo.

El Tribunal Supremo, desde que en mayo de 2009 admitió a trámite la querella de Manos Limpias, coincidió con los postulados y pretensiones de la ultraderecha, siempre con la oposición del fiscal. Nunca dudó en aceptar una acusación popular que, como dijo la Unión Progresista de Fiscales, “la ejerce en fraude de los principios que deben guiar la intervención procesal de terceros no perjudicados”.

Mientras las víctimas del franquismo, en contraste con la complacencia del Tribunal con la extrema derecha, fueron siempre tratadas con desdén y menosprecio, negándoles reiteradamente la solicitud de ser partes en el proceso contra el juez Garzón. Llegando a decirles, ofensivamente, que “se abstengan de perturbar la jurisdicción del Tribunal Supremo”.

Finalmente, el 27 de Febrero de 2012, el Juez Garzón fue absuelto en esta causa. Por fin el Tribunal, después de más de dos años de proceso y de un daño moral y profesional irreversible, rompió con Manos Limpias y actuó, aunque muy tarde, con justicia. Que ahora miren a la cara a esos querellantes y acusadores que representaban el acoso, el hostigamiento y la venganza política a quienes unos magistrados, profundamente equivocados, aceptaron como supuestos portadores de justicia. ¿Dónde estuvo durante el proceso la “buena fe” propia de un Juez constitucional?