Garzón ha explicado, en respuesta a las preguntas de su abogado, Gonzalo Martínez Fresneda, en el juicio contra él por investigar los crímenes franquistas, que los hechos que pretendía juzgar “son delictivos" y no políticos, en un contexto de crímenes contra la humanidad. El juez se ha negado a contestar las preguntas de la acusación popular, representada por el sindicato Manos Limpias, porque, según ha dicho, “no esta legitimada" para realizar estas acusaciones.

Un plan preconcebido de eliminación de personas
Garzón ha recordado que las denuncias que a partir de diciembre de 2006 presentaron en su juzgado de la Audiencia Nacional las asociaciones de Memoria Histórica y varios particulares describían un "plan preconcebido" y "sistemático" de eliminación de personas, desapariciones forzosas, enterramientos ilegales y torturas, que encajaban en el delito de crímenes contra la humanidad. En este sentido, ha comparado esta causa con la instrucción tramitada por el magistrado Ismael Moreno sobre "criminales de guerra nazis", en la cual la Fiscalía no se ha opuesto a abrir una investigación.

Un delito contra la Constitución
El magistrado ha negado que vulnerara la Ley de Amnistía, ya que esa norma se refiere a hechos políticos y en ningún caso se puede afirmar que los crímenes contra la humanidad denunciados puedan tener naturaleza política. Según su argumentación se declaró competente para investigar esos crímenes en conexión con un delito contra la Constitución y altos organismos de la nación y al considerar que no existía prescripción de los delitos puesto que se trataba de desapariciones y ejecuciones cuyos efectos son permanentes mientras no aparezca la víctima.

Por encima de ideologías
"Hice lo que creí que tenía que hacer por encima de ideologías, cada juez tendrá la suya, pero aquí había cientos y cientos de víctimas que buscaban reparación", ha confesado Garzón, tras afirmar que no ha buscado con este caso notoriedad o publicidad y que se limitó a actuar como ha hecho en otros casos similares de crímenes contra la humanidad.

Garzón ha negado que autorizara alguna de las exhumaciones solicitadas, entre diciembre de 2006 y octubre de 2008. "Expresamente se dijo que no se hicieran hasta que no quedara delimitada la competencia", ha puntualizado el juez