La polémica del Yak 42 no es la única que persigue al flamante nuevo ministro de Interior, Fernando Grande Marlaska. Quiso ser Fiscal General del Estado cuando Mariano Rajoy llegó a La Moncloa, pero él prefirió al José Manuel Maza. Impulsó el caso Faisán por el chivatazo a ETA que el PP, entonces en la oposición, utilizó para dinamitar al Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero y su intento de fin dialogado de ETA. Llegó al Consejo General del Poder Judicial a propuesta del PP donde trabajó mano a mano con el presidente del Tribunal Supremo y el Poder Judicial, Carlos Lesmes, al ser nombrado miembro de la Comisión Permanente, el centro de decisiones del órgano de gobierno de los jueces. 

Como presidente de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional votó en contra de que Concepción Espejel fuera apartada del caso Gürtel por sus vínculos con el PP. La recusación salió adelante pero no con su voto. Curiosamente, cuando dejó la Sala de lo Penal para convertirse en vocal del CGPJ fue sustituido por Espejel.

No se posicionó contra el nombramiento del homófobo Requero

Otro punto negro en su historial en el Poder Judicial es su voto favorable al nombramiento de José Luis Requero, un juez ultracatólico y homófobo como magistrado del Tribunal Supremo en la sala de lo contencioso-administrativo. Grande-Marlaska, homosexual reconocido y defensor de los derechos de la comunidad gay no vio oportuno desmarcase de este polémico nombramiento cuando Lesmes lo propuso.

A su favor, el voto a favor de que el magistrado Ricardo de Prada pudiera participar en la vistilla sobre las medidas cautelares de la Gürtel. Se impuso el voto conservador pero, al menos, en esta ocasión sí se alineó con el bloque progresista.

Grande-Marlaska despertó también polémica cuando negó que en los Centros de Internamiento de Extranjeros (CIE) se vulneraran los derechos fundamentales de las personas allí internadas, en plena polémica por los incidentes en el CIE de Aluche. "Necesariamente tengo que entender que no hay una vulneración de los derechos fundamentales, sino todo lo contrario, una tutela de los mismos".