StarLife, que acaba de entrar en funcionamiento, es una infraestructura informática pensada para dar impulso a la investigación biomédica y la medicina de precisión. Se trata de una iniciativa coordinada del Barcelona Supercomputing Center (BSC), el Centre de Regulació Genòmica (CRG) y el IRB Barcelona, financiada por la Generalitat de Catalunya, que aporta fondos FEDER, y ”la Caixa”.
Rafael Rodrigo, presidente del consorcio BSC y secretario general de Coordinación de Política Científica del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades; Francesc Posas, director del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona); Luis Serrano, director del CRG; Sergi Girona, director de operaciones del BSC; Jaume Giró, director general de la Fundación Bancaria “la Caixa”; Francesc Xavier Grau, Secretario de Universidades e Investigación de la Generalitat de Catalunya, y Mateo Valero, director del BSC, han presentado la nueva infraestructura informática.
StarLife está diseñada para manipular y aprovechar grandes volúmenes de datos médicos
StarLife está destinada a grandes proyectos biomédicos que requieren una arquitectura diseñada específicamente para la manipulación y aprovechamiento de grandes volúmenes de datos biomédicos. Los hospitales y los centros de investigación en biomedicina generan cada vez cantidades más grandes de datos moleculares, ómicos, imágenes médicas, datos de dispositivos médicos e historias clínicas que, en cantidad y complejidad, son equivalentes a las que generan otras áreas del conocimiento como la astronomía y la meteorología. 2 La interpretación de estos datos y su integración en entornos de simulación son imprescindibles para progresar en el desarrollo de la investigación biomédica y la medicina personalizada, incluyendo la comprensión del funcionamiento de los organismos vivos, el desarrollo de fármaco y el tratamiento de enfermedades.
StarLife permitirá la implementación de las técnicas de computación más avanzadas, que son las que se utilizan, por ejemplo, para detectar nuevos genes relacionados con enfermedades como el cáncer o las enfermedades minoritarias o simular el comportamiento de moléculas para agilizar el descubrimiento de fármacos.
Importante salto
StarLife surge de la continuada voluntad de colaboración entre el BSC, el CRG y el IRB Barcelona, que comparten desde 2014 un Programa Conjunto de Biología Computacional, es decir, el uso de herramientas informáticas aplicadas al campo de la biología. En esta colaboración se engloba el análisis y secuenciación del genoma, la modelización de biomoléculas, los estudios de evolución y creación de árboles filogenéticos, etc.
Dará servicio al principal centro mundial de custodia y distribución de datos genómicos y médicos
“La escala y flexibilidad del nuevo equipamiento permitirá realizar investigación de frontera a los científicos de las instituciones que lo promueven”, indica Luis Serrano, director del CRG. “StarLife, además, es una infraestructura que prestará servicio a investigadores de todo el mundo a través del Archivo Europeo de Genomas y Fenomas EGA), el principal centro mundial de custodia y distribución de datos genómicos y médicos sobre enfermedades humanas”, concluye.
"El equipamiento StarLife marca un antes y un después en nuestra investigación y consolida a los centros que lo hemos impulsado como referentes mundiales en el campo de la biomedicina" afirma Francesc Posas, director del IRB Barcelona. "Desde el IRB Barcelona lo utilizaremos para trabajar en la estructura molecular del ADN y en la genómica del cáncer, con un enfoque hacia la medicina personalizada".
Un sistema flexible y complementario al superordenador MareNostrum
StarLife es un sistema de computación y almacenaje que tiene una capacidad de cálculo de 132,8 Teraflops (133 billones de operaciones por segundo), una capacidad de almacenaje de 9,5 Petabytes (10 millones de Gigabytes) y una memoria central (RAM) de 9,1 Terabytes (9.100 Gigabytes).
“Su principal característica es que es fácilmente reconfigurable y adaptable a las diversas necesidades de las diferentes tareas relacionadas con la biomedicina, que incluyen ejecuciones en entorno de computación de altas prestaciones, cloud y análisis big data”, explica Sergi Girona, director de Operaciones del BSC, "y cuando se trata de hacer análisis muy específicos con mucha necesidad de supercomputación disponemos del superordenador MareNostrum”.
Colaboración público-privada
StarLife ha tenido un coste de 1,72 millones de euros, un 43% de los cuales los ha aportado la Generalitat de Catalunya a través de fondos FEDER, un 22%, ”la Caixa” y el 35% restante es una inversión conjunta del BSC, el CRG y el IRB Barcelona.
El secretario general de Política Científica del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, Rafael Rodrigo, ha destacado “el compromiso del Gobierno de España con la ciencia y la innovación en general y con la supercomputación y la biomedicina en particular.
StarLife es sin duda un proyecto de gran interés que abordará proyectos biomédicos en Cataluña, una comunidad autónoma líder en I+D+I. Y lo hará de la mano de las administraciones, de centros de excelencia investigadora reconocidos a nivel mundial y de una entidad siempre comprometida con la ciencia, como es la Fundación Bancaria “la Caixa”.
Francesc Xavier Grau, Secretario de Universidades e Investigación de la Generalitat de Catalunya, destacó la importancia de este sistema que permitirá “gestionar los datos que se generan en la investigación biomédica para conseguir un impacto efectivo en la salud de la población”.
Por su parte, Jaume Giró, director general de la Fundación Bancaria “la Caixa”, destacó que se trata de “un ejemplo de arquitectura institucional público-privada para potenciar la investigación de excelencia internacional para la mejora de la salud de las personas a la cual estamos orgullosos de contribuir. La investigación es una de las líneas prioritarias que contempla el plan estratégico de la Fundación Bancaria “la Caixa”, al que destinamos 90 millones de euros”.
StarLife está ubicado físicamente en las instalaciones del Barcelona Supercomputing Center y se incorpora, con funciones complementarias, al ecosistema computacional integrado del que forma parte también el superordenador MareNostrum 4.
