Los Comités de Defensa de la República (CDR) han pasado a formar parte de la actualidad estas últimas semanas. Los CDR nacieron antes del 1 de octubre para defender la celebración del referéndum y el 3 de octubre se transformaron de Comité de Defensa del Referéndum a Comité de Defensa de la República manteniendo las mismas siglas. Su nacimiento fue transversal y descentralizado. Los CDR ya republicanos fueron los responsables de los cortes de las vías del AVE el 3 de octubre, así como de los cortes de carreteras justo después del 1 de octubre en defensa de la "república" nacida tras la consulta del 1 de octubre.

Son grupos descentralizados y sin liderazgos. En una misma zona puede haber más de un CDR, formado cada uno por una decena de personas. A pesar de su nacimiento transversal, con independentistas de todo el espectro, tal y como pasan los días la CUP se va haciendo con el control de la mayoría de los CDR. La formación anticapitalista es la que más apoyo ofrece a la organización y a las acciones de los CDR.

En esta Semana Santa, por ejemplo, cortaron carreteras en la operación salida y en la operación retorno levantaron las barreras de las autopistas o bien realizaron marchas lentas por diversas carreteras. Días antes, con la detención de Carles Puigdemont en Alemania, fueron grupos de CDR los que lideraron las protestas y se enfrentaron a los Mossos frente a las subdelegaciones del Gobierno, a diferencia de la manifestación de la ANC, que transcurrió sin incidentes.

Ahora, la Fiscalía de la Audiencia Nacional ha anunciado que investiga las acciones de los CDR por si los puede acusart de rebelión. Existe un informe policial de 140 páginas en el que acusa a 22 personas de ser los líderes del CDR. Señala con nombres a rrepresentantes de movimientos pacifistas, alejados de los CDR y de la CUP.

Las personas señaladas son fundadoras de En Pie de Paz, un grupo que representa al movimiento por la paz, así como a entidades y movimientos sociales a favor de la paz y contra la violencia o las guerras. Por ejemplo, se nombra a Pepe Beunza que fue el primer objetor de conciencia al servicio militar por razones políticas; la filósofa Marina Garcés (muy vinculada a Ada Colau); el actual diputado de ERC y ex portavoz de Casa Nuestra Casa Vuestra, Ruben Wagensberg; Jordi Armadans, presidente de Fundació per la Pau; el ex diputado de la CUP David Fernández; el vicepresidente y portavoz de Òmnium, Marcel Mauri, (con vinculaciones en ERC); o al presidente de la UNESCO de Cataluña, Eduard Vallory (también con vinculaciones con ERC). El único de la CUP es David Fernández.

En las conclusiones, el documento policial relaciona las formaciones de En Pie de Paz con el impedimento del ejercicio de las funciones por parte de las fuerzas y cuerpos de seguridad. 

La Guardia Civil describe la supuesta organización de los CDR y destaca tres reuniones supramunicipales, especialmente al encuentro que se celebró en Sabadell, que reproduce el contenido de un artículo escrito por Alfredo Pascual, periodista de El Confidencial al que asistió haciéndose pasar por un activista. Para describir la organización de los comités, se reproducen una serie de comunicaciones públicas como tuits, comunicados de los mismos CDR o entrevistas publicadas en medios de comunicación. Es en base a ello que la Guardia Civil concluye que "se parte de las asambleas locales, derivan en un CDR de coordinación territorial, como por ejemplo el CDR Norte Oriental (...) y llegando finalmente a un CDR central, siendo éste el CDR Cataluña (...) y desde el que se centraliza la información, dirigida a llamadas a la población para ejercer tanto la resistencia activa y pasiva, como la desobediencia civil ".

El tuiter oficial de los CDR ha respondido a la investigación de la Fiscalía. En un escrito, utilizando un lenguaje muy propio de la CUP, aseguran que seguirán con las acciones a pesar de "los intentos de criminalización por parte de los poderes fácticos de un estado fascista y represor".