Gracias a la iniciativa de la Fundación “la Caixa”, la investigación y el tratamiento del cáncer da un significativo paso adelante, mediante una novedosa plataforma transversal de secuenciación de célula única de nueva generación. La plataforma lleva por nombre Comprendiendo el cáncer a través de la secuenciación de células individuales, o lo que es lo mismo, por su acrónimo en inglés, the UNIQUE CaixaResearch platform (UNderstanding cancer through sIngle cell seQUEncing. UNIQUE se integrará en el core de plataformas tecnológicas del Vall d’Hebron Instituto de Oncología (VHIO) que forma parte del Campus Vall d’Hebron.
La importancia de analizar la célula única para estudiar la heterogeneidad del tumor radica en que un solo tumor puede albergar hasta millones de células de poblaciones y tipos tumorales muy diferentes entre sí. En este contexto, la plataforma también se podrán identificar distintas subpoblaciones celulares y el papel que juegan, descubrir nuevos biomarcadores tumorales para tumores que hasta ahora se consideraban bien caracterizados, comprender mejor la respuesta al tratamiento o investigar la evolución de un tumor a lo largo del tiempo, de los distintos estadios y de cómo han ido respondiendo a los diferentes tratamientos.
Esa variedad de células pasa a ser una dificultad que limita la eficacia de muchas terapias y puede llegar a afectar negativamente los resultados de los tratamientos. el Dr. Marcos Malumbres, profesor ICREA, director del Programa de Oncología de Sistemas y jefe del Grupo de Ciclo Celular y Cáncer del VHIO, asegura que los enfoques actuales de secuenciación masiva de las muestras nos dan una visión general del tumor. “Pero lo cierto es que el tumor contiene células con distintas características y potencial maligno que cambian constantemente con la evolución del tumor o en respuesta a los tratamientos”, añade. Malumbres trabaja con esta tecnología con el objetivo de desarrollar y ensayar estrategias terapéuticas novedosas y trasladarlas a la práctica clínica.
¿Cómo ayudará UNIQUE CaixaResearch a los investigadores del VHIO? Permitiéndoles planteos que lleven a comprender mejor la complejidad de los tumores, a encontrar nuevas soluciones terapéuticas y a biomarcadores que mejoren la atención de los pacientes oncológicos. El Dr. Malumbres remarca que “pasamos de tener una visión global difusa del comportamiento de miles de células a tener miles de visiones completas de cada una de las células”. Es decir, que la tecnología single-cell o de célula única permite desentrañar programas de expresión genética en muestras de tejido tumoral y sangre periférica y caracterizar los patrones de expresión célula a célula. En otras palabras, despeja el camino para saber qué genes se expresan o dejan de expresarse en cada célula.
Por su parte, la Dra. Elena Serrano, coordinadora de la Unidad de Alta Tecnología del VHIO, explica que “la secuenciación de célula única permite detectar y caracterizar poblaciones de células madre raras presentes en el microambiente tumoral responsables de la resistencia a la terapia y la recaída del tumor, células tumorales latentes que provocan metástasis, células tumorales circulantes de baja abundancia y células inmunitarias que pueden tener relevancia funcional y significado clínico”. A tal efecto, la plataforma está integrada por tres equipos de última generación, que son los que integran el core de las plataformas tecnológicas transversales del VHIO: el Parsotix capaz de aislar las células tumorales circulantes por biopsia líquida; el Chromium X (10x Genomics) que separa las células tumorales entre células de tejido y células circulantes, una a una y las prepara para su secuenciación de forma individual; y el microscopio Leica DMi8 equipado con tecnología Thunder y un equipo CytAssist (10x genomics). Este último va a permitir, a partir de muestras sólidas del tumor, ubicar la localización de cada una de las células en el tumor conociendo qué genes expresa cada una de ellas. En palabras de la Dra. Elena Serrano, “obtenemos la información sobre qué genes está expresando o no una célula tumoral concreta y qué lugar ocupa esa misma célula dentro del entorno tumoral. Lo que se conoce como transcriptómica espacial”.
En resumen, la plataforma UNIQUE CaixaResearch, subvencionada por la Fundación “la Caixa”, brindará una importante cantidad de datos, cuya integración con los de tecnologías precedentes y con los clínicos sacará a la luz una información que permitirá dar un salto cualitativo y cuantitativo en la identificación de biomarcadores de respuesta.
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