Juan Rubiales fue el hombre de confianza de su sobrino Luis Rubiales durante un tiempo en la presidencia de la Real Federación Española de Fútbol, siendo jefe de su Gabinete. Elegido a dedo por el todavía presidente de la RFEF, también fue un hombre importante en la consolidación de su liderazgo en la Asociación de Futbolistas Españoles (AFE). Sin embargo, su relación se fue al garete. El máximo dirigente del fúubol español llamó a su despacho al hermano de su padre y le pidió que no volviera a llamarle "Luis" sino "presidente". A raíz de este percance, Juan Rubiales acabó declarando de forma voluntaria contra su sobrino ante la Fiscalía Anticorrupción por sus numerosos escándolos. Tras todo lo sucedido con Jenni Hermoso y la agresión a la jugadora de la Selección Española, Juan Rubiales ha cargado duramente contra su sobrino en una entrevista en El Mundo.

Preguntado por la agresión perpetrada contra la campeona del mundo, Juan Rubiales ha comparado al mandatorio con "Torrente": "Siempre ha sido un hombre con un claro tinte machista, muy arrogante, con actitudes propias de Torrente", ha confesado al periodista Estebán Urreiztieta. Asimismo, Juan Rubiales ha hablado del percance en el que su sobrino le obligó a llamarle "presidente": "A partir de ese momento le empezamos a llamar 'Kennedy'. No quería a su alrededor gente que le llevara la contraria. Durante última conversación que tuve con él me dijo: 'Tío, tenemos que buscar la fórmula para que a mi padre le llegue dinero todos los meses desde la RFEF'. Le contesté que no iba a participar en eso y le dije '¿de qué vas?'. Me contestó: 'Vete de aquí que no te quiero ni ver. Ya sé de qué vas'".

Otro de los temas a tratar en la conversación son los contratos millonarios con Arabia Saudí para disputar allí la Supercopa de España y por los que Gerard Piqué cobró grandes comisiones: "Nos llevamos las manos a la cabeza, le dijimos que cómo había hecho eso con un país que no respetaba los derechos humanos, así que encargó rápidamente un informe que justificara lo que había hecho. Hubo una propuesta de Qatar para quedarse la Supercopa, pero la rechazó porque Piqué no era intermediario y no se llevaba comisión".

Juan Rubiales también ha hablado sobre una supuesta reunión de trabajo en un chalet de Salobreña en la que se invitaron a un grupo de chicas: "Cuando llegaron y vi aquello, le dije: '¡Te has vuelto loco, tienen 18 años, podrían ser tus hijas!', y me encerré en una habitación". Según el tío de Rubiales "no eran prostitutas" sino "lo que hoy en día se llama 'chicas de imagen', chicas a las que se les paga un dinero por participar en una fiesta y ambientar. A partir de ahí, lo que sucede, sucede". Además, Juan Rubiales asegura que aquello se pagó con dinero de la Federación. Y otros escándalos que tienen a su familiar como protagonista: "Se enamoró de una una pintora mexicana y planteó un viaje a Nueva York a verla. Me dijo que íbamos a tener allí unas reuniones muy importantes y que era importante que yo fuera. Fue un viaje de amor de cinco días. Nos dio instrucciones de lo que teníamos que decir por si preguntaba la prensa".

Juan Rubiales también ha hablado de la madre de Luis Rubiales en una entrevista con El Confidencial, quien se ha encerrado en una iglesia de Motril de la que ha tenido que ser trasladada a un hospital por su mal estado de salud: "Mi madre también está sufriendo. Y las madres de las 25 personas que echó Rubiales de la Federación sin cometer ninguna irregularidad también están sufriendo. Y la gente que en su mandato él ha machacado también ha sufrido mucho. Los Rubiales estamos posicionados absolutamente con una idea de dignidad. Y la dignidad es defender a Jenni, entenderla, y reprochar los comportamiento bochornosos de este presidente".

En esta conversación con José María Olmo, Juan define a su sobrino como "un cobarde": "Por eso, si lo ves, siempre va rodeado de mucha gente. Por eso siempre convoca cenas en su casa hasta altas horas de la madrugada, rodeado de su gente. Lo que pasa es que, cuando se pone la gorra de jefe, pues claro, se siente... que se cree que es lo máximo".